どうにか4時間ほどでクローン化が終わったので、接続を変更してSSDから起動。いやはやとても快適です、こんなことならウジウジ言っていないでさっさとやっておけばよかったな。
SSD BENCH 
HDD BENCH
早速速度を比べてみましたが、一目瞭然。シーケンシャルはHDDでもそこそこの速度が出ていますが、ランダム読み書きが100倍以上速くなっています。これが起動時に一斉に各アプリケーションがストレージにアクセスして来る状況で有効に機能するわけですね。
実際の所、HDDだと起動後のあれこれが済んで落ち着くまで15分ほどかかってましたが、SSD化後はデスクトップが表示されてから1分もしないうちにまともに使用できる状態となります。もちろん裏であれこれ動いているのは知っていますが、ほぼ待たされることが無くなったので全部が終わるまで待たなくても良くなったわけです。
この快適さを知っちゃうともう元には戻れないな。
S.M.A.R.T.の情報によれば7年落ちのHDDはまだ健康状態に問題は無いとか。週一回の割でクローンバックアップを取るようにしておきますかね。
SSD、それも大容量品はそれなりに高価なデバイスですが、効果抜群で投資した甲斐があったというものです。
1/16追記:
バックアップ用にHDDをつないでおくと、Index Serach EngineやセキュリティーソフトなんかがHDD側にもアクセスしに行くので、結局ガラガラ煩いことが判明。なので、バックアップはSynctoyでファイルコピーではなく、週末にClone化するときだけHDDを接続することに決定。
まぁ、現状でもストレージが不足している訳ではないのでSSDだけで十分。なのでこの運用にしましょう。